不久，朝廷又召他回京。在不明福祸的情况下，萧道成不带一兵一卒，毅然只身返回京城。明帝刘彧见此，打消了对他的怀疑。一直到明帝去世，萧道成都平安无事，还被任命为辅佐幼主的大臣之一。
后废帝刘昱即位后，他的叔叔桂阳王刘休范本以为自己凭借宗亲关系能入朝为宰辅，但刘昱未能如其愿。刘休范遂起异心，在浔阳起兵谋反，率大军两万、轻骑五百自浔阳出发，昼夜兼程，向京师逼近。面对严峻的形势，朝廷大臣都十分紧张，拿不出退敌的好策略。只有萧道成成竹在胸，于是一马当先，请命出战。萧道成受领平南将军，率兵抵达亲亭驻防。经过精心组织，并亲自指挥，萧道成在新亭大破刘休范军，斩刘休范；之后又解台城之围，斩杜黑骡与丁文豪，动乱旋即平定。经此一战，功勋卓著的萧道成进爵为公，迁中领军将军，掌握了禁卫军，督五州军事，与袁粲、褚渊、刘秉号称四贵。
史家点评：
出身寒微，博学多才，并且胸怀革除时弊的远大志向。
——詹子庆《中国古代史》
废除刘昱总揽朝政
后废帝刘昱穷凶极恶，动不动就乱杀人。自萧道成平定刘休范之后，逐渐掌握朝政。刘昱十分忌恨萧道成的威名，想把他杀掉。一天，刘昱直接闯进萧道成的领军府，萧道成正在午睡，袒胸露腹。刘昱见萧道成的肚皮很大，脐孔也很大，就像一张箭靶。于是他就拍醒萧道成，叫他站在墙边，然后用笔在萧道成的肚子上画出箭靶的样子，就拉上弓准备射箭。萧道成见大事不好，赶忙说：“老臣无罪。”再加上刘昱的左右劝说道：“萧将军的肚皮确实是一个好靶子，但是如果陛下今天就把他射死了，那么日后就没得玩了。就不如用假箭练习，不要损伤了靶子。”刘昱听此，也觉有道理，就用假箭，一射便中“靶心”脐孔。后来又有几次，萧道成险些成了刘昱的刀下之鬼。