误区三：事实不清，武断仲裁。秘书在没搞清事实和整个情况之前，就主观臆断，随意下结论，分不清矛盾的性质，不能分析矛盾产生的原因是利益冲突还是观点分歧，是误会还是感情纠葛，不能对症下药，糊涂官判糊涂案，结果弄巧成拙，激化矛盾。
误区四：直接介入，充当“裁判员”。秘书在协调部门矛盾，尤其是进行现场协调时，往往不能保持自己的“超脱”地位，直接介入矛盾双方，就事论事，具体表态。对秘书来说，协调本身就是一种深入的探索。如果只是简单地充当“裁判员”的角色，也就往往抓不住问题的本质，掌握不了事物的规律，结果不能从根本上解决问题。
误区五：协商调解与指令制约相对立。秘书的协调具有协商调解与指令约束性双重职能，有些秘书不能深刻地领悟二者的统一，将其截然分开、完全对立。在实际工作中，不能根据不同的协调环境、协调客体，采取适宜的协调方法，综合运用两种协调职能，也就收不到良好的协调效果。