进入21世纪后，随着南海局势持续升温，美国高调重返亚太，美菲军事合作重新升温。阿罗约执政时期，菲政府在南海问题上的基调是自主解决南海问题，不希望过多借助美国力量。阿基诺三世执政以来，极力主张发展更加紧密的菲美军事同盟关系，借美亚太战略调整之机“联美制华”，要求美国承诺根据《美菲共同防御条约》提供军事装备并帮助菲加强海上能力建设。美国也有意重新在菲律宾建军事基地和驻军，而菲律宾也有意迎合美国重返亚洲战略，借美国力量来对抗中国。2012年2月，美承诺为菲提供近1.5亿美元的国防援助经费，并同意向菲出售第二艘“汉密尔顿”级巡逻舰。中菲黄岩岛对峙事件发生后，菲美两国海军和海岸警卫队多次举行联合军演。尽管菲方声称演习并不针对任何第三方，但对抗中国的意图非常明显。
4. 强化南海军事存在
菲律宾是仅次于印尼的世界第二大群岛国家，长期以来，菲官方扬言要建设一支强大的海防力量。但菲南部长期战乱不断，陆军在剿匪斗争中起到了举足轻重的作用，因此在员额和军费等方面享有绝对优先权，海军只能在剿匪中充当配角，而东盟各邻国间几乎不可能发生海上争端，因此菲政府国防战略中的海军始终坐着冷板凳。阿罗约执政时期，菲军每年仅拨款500万比索维护菲占南沙岛礁设施，多年来无力购买新型战舰，仅对“孔雀”级巡逻艇进行了改装。