然而，自理学诞生的那一刻到它拥有唯我独尊的地位时，它自身不可避免的缺陷始终像个恶灵一样跟随着它。
首先，理学在“存天理去人欲”的执行上过于严苛。这一点，程颐登峰造极。程颐认为，人生应该严肃，并且要绝对严肃。他曾给小皇帝赵煦（宋哲宗）上课，当时是春天，树枝发出清新的芽，让人怜爱。赵煦趁程颐不注意，折了一根树枝。程颐发现，脸色大变，说：“春天正是万物复苏之时，您怎么忍心折杀它们，这真是没有天理。”这种忽视甚至是扼杀情感的理学，实在让人无法喜欢上它。
其次，理学萌芽于北宋王安石变法时，倡导理学的那些人因为没有政务在身，所以不对政治负责，于是提出了高调的个人道德主义。他们希望每个政治家都应该具备他们所说的个人道德素质，程颐认为，一个出色的政治家必须是完美的道德家，必须要有古典儒家所要求的一切美德：仁义礼智信，甚至包括个人卫生。司马光就曾攻击王安石，认为王安石一年才洗一次澡，连胡子里都是虱子，这样一个连“修身”都做不到的人，怎么能齐家、治国、平天下？！