巴尔博亚用一种钢铁般的意志来准备自己的伟大事业。正是这种大胆的成就造成了他的危险，因为佩德拉里亚斯猜疑的目光一直忐忑不安地注视着自己部下的意图。或许由于告密，他听到了关于巴尔博亚追名逐利、幻想统治的消息，或许他只是由于嫉妒而害怕这个老叛逆者的第二次获得成功。总之，他突然送给巴尔博亚一封热情洋溢的信，信中说，他希望在巴尔博亚开始进军之前，能回到达里安附近的小城阿克拉来商议一下。巴尔博亚希望佩德拉里亚斯继续支援兵力，于是他接受了这一邀请，并立即赶了回去。在城门前迎面走来一小队士兵，表面上好像是为了欢迎他。他满怀喜悦地迎着他们走去，以便拥抱他们的队长——他多年的战友，发现南海时的伙伴，他的可信赖的朋友，弗朗西斯科·皮萨罗。
但弗朗西斯科·皮萨罗把手重重地放在他的肩上，宣布他被捕了。皮萨罗也想名垂青史，也想去占领黄金国，或许他也高兴除掉这样一个勇敢的人。总督佩德拉里亚斯以所谓叛乱罪对他提出诉讼，很快举行了不公正的审判。几天以后，巴尔博亚及其最忠实的伙伴们都被送上了断台头。刽子手的刀光一闪，刹时间，在那滚落下来的人头上永远睁着一只眼睛，这是人类同时看到包围着我们地球的两个海洋的第一只眼睛。