虽说已经早昭告了天下，但心中对应天仍旧不满意，在他看来应天做为都城，有三处困扰着他，一是中原的局面一直在北方，建都南京有偏安性质；二是元朝残余势力仍虎视中原，伺机南下，建都南京有鞭长莫及的感觉；这两处倒也罢了，毕竟可以慢慢改变，唯独第三个隐患，让他心中着实不安。
应天就修建宫殿而言，的确比中都，汴梁差了许多，燕雀湖地势低洼，又距离外城太近，战时易受城外敌军威胁，并非理想的地点。但军师刘伯温判断此地为“龙头”宝地，对于刘伯温的能耐，朱元璋深信不疑，不得不在此修建新宫，为了修建新皇宫，他调集几十万民工填湖。由于湖广势低，填湖工程十分浩大，需要大量的土石，故南京民间有“迁三山填燕雀”的传说。燕雀湖大部分被填平后，为了防止地基下沉，又在殿基下打入无数密集的木桩，上盖巨型条石，然后再在上面建造宫殿，并铺盖砖石结构的大型水道。为了使内宫水源澄清，又在遗留的湖底铺以大量雨花石，让湖水穿城墙而入，在内宫屈曲环绕。便是这样，朱元璋认为这破坏了风水，对子孙后代不利。所以，他一直想迁都。迁往何处？他心目中认为长安较好，长安有函谷关、陇蜀的沃野千里，南边有巴蜀的富庶，北边有胡人畜牧的便利，可以在三面防守，并向东方牵制诸侯，只要握住渭水通运京师，当东方有变，就可以顺流而下。正所谓金城千里，天府之国。是最为理想都城，可眼下天下尚未统一，迁都之事不是小事，需要从长计议，这才是他没有迁都汉中的缘由。