王允听到蔡邕叹气，一下子就火了，跳起来指着蔡邕的鼻子就骂：“董卓是汉朝的国贼，国家差点儿亡在他手里。今天董卓死了，普天同庆，你居然敢不高兴？”立刻下令把蔡邕关起来，并且吩咐法官，要判他死罪。
蔡邕在狱中恳求王允：“你在我脸上刺字，要不把我脚砍了，都没关系，千万别杀我。为什么呢？不是我怕死，因为我正在写一部史书，是东汉的历史，还没写完。希望你饶我一命，让我写完书再死。”
王允坚决不同意。他说：“当初汉武帝就是不够心狠手辣，没杀司马迁，所以司马迁写《史记》诋毁汉武帝；我今天要是放过蔡邕，那在蔡邕的这本历史书中，还不一定把我王允写成什么样呢！”所以就把蔡邕给杀了。中国古代有文字狱的传统。一般的文字狱，是你说了不该说的话，写了不该写的文章，朝廷把你抓起来杀了；王允杀蔡邕，是为了防止你写不该写的东西，先把你杀了再说。这是中国古代政治非常阴暗的一面。
所以王允这样一个人，当然不可能真正安定汉朝的江山社稷。董卓死时，他的党羽在外打仗，这才被王允和吕布钻了空子。现在，董卓死了，他的残党群龙无首，感到害怕，派人与王允沟通，请求和解。王允居然拒绝，并要解散他们的军队。董卓残党明白，军队一旦解散，必死无疑。他们一咬牙，联手杀回长安，居然获得成功，把王允抓起来处死了，将汉献帝和文武百官都扣押为人质。