对于美国政府的答复，日本深表不满。因为，美方咬定阿波丸偏离了既定的航线，而且没有按约定打开灯光加以照明，将一盆脏水泼了过来，把事故责任推到了阿波丸身上。为此，日本政府立即提出抗议，称无故进攻阿波丸是历史上最无信的行为，要求美国方面承担全部责任，并再次要求美国政府作出解释。日方还通过瑞士代表团，对美方提出了“六点要求”：
一、美军是在什么情况下击沉阿波丸的？
二、幸存者的人数及姓名。
三、幸存者现被扣留的地点。
四、幸存者的待遇。
五、幸存者的健康状况。
六、关于发射鱼雷的详细情况。
日本还开动新闻机器，进行集中报道，使阿波丸事件迅速升温，成为世人关注的一大焦点，美国政府陷入尴尬、屈理、被动局面。为了挽回影响，美国不得已，只能“挥泪斩马谡”，将肇事者拉福林提交了军事法庭。