但是普鲁士与法国订立商业条约的态度遭到关税同盟中的一些中等邦国的反对。它们很清楚，一旦与法国签订自由贸易性的商业条约，就意味着实行贸易保护主义的奥地利与关税同盟之间“特殊关系”的结束，普鲁士就会成为德意志内部没有竞争对手的霸主。因此，在奥地利外交大臣雷希贝格（Johann Bernhard von Rechberg，1806—1899）的鼓动下，关税同盟中的一些邦国公开要求与奥地利在商业上进行更紧密的合作。面对奥地利和中等邦国的阻挠，普鲁士决定加速与法国的商业条约谈判，同时巧妙地利用关税同盟内部一些中等邦国的特别愿望来与法国讨价还价。1862年3月29日，普鲁士在没有与关税同盟其他成员商量的情况下，就签订了《法普商业条约》（Franzsisch-Preuischer Handelsvertrag）。据此，到1866年1月1日，法普双方将降低各种关税。关税同盟的许多商品由此在法国获得和英国、比利时商品一样的关税优惠。以金属制品关税为例，铁丝的关税从每公担14法郎降为10法郎；铜制品则从15法郎降为10法郎。
1865年，德意志关税同盟条约面临延长的问题。此前，关税同盟内部各派力量斗争非常激烈。南德诸邦要求继续保证1853年时给予奥地利的权利，即奥地利在向关税同盟地区出口时，可享受最低关税。与此同时，它们还反对普鲁士关于将关税同盟的重新组织与确认法普商业条约挂钩的建议。当时，巴伐利亚、符滕堡、汉诺威、黑森—达姆施塔特、拿骚、法兰克福等邦的反对立场完全有可能使法普商业条约在关税同盟中无法得到批准。面对这种阻力，普鲁士政府采用软硬兼施的政策。一方面普鲁士新首相俾斯麦以威胁的口气宣布，到1865年关税同盟条约期满时，他将解散关税同盟，然后与各邦在《法普商业条约》的基础上重新谈判；另一方面他又大力改善与奥地利的关系，于1864年3月在布拉格和奥地利举行奥德关税同盟谈判。不过，俾斯麦早就知道，奥地利和德意志关税同盟的经济和管理状况差异很大，所谓的奥德关税同盟只是一种“无法实现的乌托邦”。尽管如此，这种表演性的举动在一定程度上使得那些担心普鲁士霸权野心的中等邦国得到些许安慰。