来到柯尼斯堡大学后，由于条件尚不具备，赫尔巴特于18阈年首先建立了教学论研究所。他从教育学讲座中选出优秀大学生作为教育者并指导他们。教育者熟练后，可以不定期带学生去赫尔巴特的住所授课，允许其他听讲座的大学生旁听。目的是配合赫尔巴特的教育学讲座，使担任教育者的大学生通过练习，可以掌握不同学科的教学方法，旁听的大学生可以更好地理解和思考理论。赫尔巴特的教育学研究班重视习明纳方法，渗透了19世纪柏林大学“教学与研究相统一”的精神。研究班每周六有一次公开研讨会，时间为一个半小时。讨论会的形式多样，比如由赫尔巴特或固定教师上示范课，或是由大学生学员做讲座，也可以是学术性的专题讲座，还可以由学员宣读自己写作的教育学论文，或是让参与讲座的大学生进行尝试教学。
尽管如此，作为建立教育学研究班的过渡机构，教学论研究班不可避免地存在着学生不固定、教学时间与赫尔巴特讲座的时间发生冲突的问题。研究班没有设定严格的学员进出标准，大学生学员自愿参加，能力参差不齐，这便影响了教学的质量。此外，为了让更多的人接受培训，研究班除了固定教师不随意更换外，学员大多一年一换，这也严重影响了教学的连续性和深入开展。随着时间的推移，赫尔巴特开始不满足仅仅利用研究班实现其教育理论与实践相结合的愿望。他希望能够在更大的范围内实践自己的教育理论，培养熟知教育性教学方法的教师，改进和推广他的教学方法。