但是，柔顺软弱的国王托勒密十世面对这样的形势却不知从何下手。不久，在一片怨声载道之中爆发了奴隶武装起义。托勒密十世不得不匆忙带军镇压起义。但是，军队士气低落，连连在战场上失利。公元前87年秋天，托勒密十世被奴隶们围困，被迫逃出埃及。贝勒奈西三世也随之踏上了逃难之路。
托勒密十世本来就不热衷于王权。此时此刻，面对着这样的局面更是心灰意冷，无计可施。贝勒奈西三世则表现了不屈于困难和危机的坚强性格。她鼓励国王，从哪里摔倒就从哪里爬起来，要国王振作精神。要恢复托勒密的江山，就必须得有自己的军队，但由于长期国库空虚，他们手中的财力实在有限，对于召募雇佣军队乃是杯水车薪。贝勒奈西三世就派心腹悄悄潜回她父亲的塞浦路斯，向父亲要了一笔巨资，用来购置军队所需物品。接着，她和托勒密十世一起走上战场，和军队士兵并肩作战，同甘共苦。在卧薪偿胆的日子里，贝勒奈西更加真切地体会了创业的艰难，守业的不易，坚定了回复王位的决心。
