《清忠谱》创作思想上的弱点暴露得也很清楚。剧本仍没有跳出忠奸斗争的旧谱，过多地宣扬封建伦理纲常，对市民运动的意义挖掘得不够深入。作者把市民运动单纯地看成是为了营救一个清官，把这一场暴动纳入东林党人反阉党的狭小范围中，没有认识到这场斗争的背后包含着市民阶层对自身解放的迫切要求，这就不可避免地降低和削弱了这场斗争的伟大意义，作者不自觉地赋予颜佩伟等五人以封建“义仆”性格，原因即在于此。
李玉是一个熟悉舞台艺术的作家，他的创作既能够适应舞台规律，便于演员表演，又能照顾到观众艺术欣赏的需要，有着很好的演出效果。《清忠谱》全剧共23出，始终围绕周顺昌及苏州市民的反阉党斗争这一情节，主题突出，线索分明，结构紧凑。剧本的语言非常适合舞台演出的需要，李玉不像一般文人作家那样不重视道白，注意运用道白来塑造人物，推动情节发展；在一些抒情场面中，剧作家又常常用长篇套曲来抒发人物的感情，感人至深。这些艺术成就对中国古典戏曲的发展产生了积极的影响。