第三，正确处理知识的逻辑顺序与学生身心发展顺序的关系。这是教材编写的难点。过去往往重视学科知识的逻辑顺序，对学生的年龄特点，生理、心理发展特征研究不够。这几十年来，在教材的编写上注重以现代教学论和心理学为依据，研究学科特点和儿童少年认知特点、教与学的关系，建立合理的教材结构。有些学科注意吸收近年来各地教学改革的经验，建立了新的教材结构。
以1993年秋开始在全国推广使用的新教材为例，小学语文建立了以训练为主线的体系，并吸取了“注音识字，提前读写”的教改经验，充分发挥汉语拼音帮助识字、阅读和学习普通话的功能，从发展语言入手进行编排，在发展语言的过程中识字，改变了原有低年级教材从识字入手的编排方法。关于小学数学一年级课本中20以内的进位加法和退位减法如何编写，编者研究了国内外的许多种教法，编写了实验教材，在实验班进行了两轮实验，最后确定采用加减穿插的编排方法，并加强直观演示，增加学生操作的内容，收到良好效果。