大都、上都回回药物院二，秩从五品，掌回回药事。至元二十九年始置。至治二年，拨隶广惠司，定置达鲁花赤一员、大使二员、副使一员。
御药院，秩从五品，掌受各路乡贡、诸蕃进献珍贵药品，修造汤煎。至元六年始置。达鲁花赤一员，从五品；大使二员，从五品；副使三员，正七品；直长一员，都监二员。
御药局，秩从五品，掌两都行箧药饵。至元十年始置。大德九年，分立行御药局，掌行箧药物。本局但掌上都药仓之事。定置达鲁花赤一员，从五品；局使二员，从五品；副使二员，正七品。
行御药局，秩从五品。达鲁花赤一员，大使二员，副使三员，品秩同上。掌行箧药饵。大德九年始置。
御香局，秩从五品，提点一员，司令一员，掌修合御用诸香。至大元年始置。大都惠民局，秩从五品，掌收官钱，经营出息，市药修剂，以惠贫民。中统二年始置，受太医院劄。至元十四年，定从六品秩。二十一年，升从五品。上都惠民司，提点一员，司令一员。中统四年始置，品秩并同上。
医学提举司，秩从五品。至元九年始置。十三年罢，十四年复置。掌考校诸路医生课义，试验太医教官，校勘名医撰述文字，辨验药材，训诲太医子弟，领各处医学。提举一员，副提举一员。