副总统选举的流产，表明即使是处在政治鼎盛期的皖系也无力完全控制北京政局，派系纷争是影响北京政治的重要因素，北京政府本质上仍是弱政府；而国会政治的变质使其在北京政治中的地位不断弱化，在社会舆论及民众中的公信度不断下降，国会既不能成为民主的一极而约束军阀所为，则其只能成为议员个人的名利秀场，直至贿选公行，声名狼藉，成为其最终被解散的重要原因；曹锟未能如愿当上副总统，则使其对皖系心怀怨怼，10月16日第三次选举失败的当天，曹锟即“称病”离京回津“静养”。曹锟的态度不能不使直皖关系趋于恶化，而当1919年12月28日冯国璋病故之后，“曹氏坐镇畿辅，势力雄厚，又有吴佩孚百战健将驻军湘南，遥为呼应”；“加以曹氏素恶段派专政，吴氏以转战湘中克复岳、长之伟绩，反令张敬尧安居湘督之位，尤愤不能平。于是曹氏所未便宣言者，以及吴氏自欲发其牢骚者，遂一再通电丑诋安福系及徐树铮之罪恶。由是曹氏俨为直派领袖，而两派又积不相能矣。”
1918年10月10日，徐世昌在北京中南海怀仁堂就任中华民国第二任大总统，代理大总统冯国璋同时去职。徐世昌在“就职宣言”中称自己“忧患余生，备经世变，近年闭户养拙，不复与闻时政，而当国是纠纷，群情隔阂之际，犹将竭其忠告，思所以匡持之。”他以解决时局纠纷、实现南北统一为要图，表示将“以救民救国为前提，极愿以诚心谋统一之进行，以毅力达和平之主旨。果使阋墙知悟，休养可期，民国前途，庶几有豸。”