就在段祺瑞为“武力统一”四处筹措资金的时候，从南方忽然传来了主和的声音，而这一次走在前面的竟然就是前不久才表示愿意去前线充当先锋的吴佩孚。21日，吴佩孚领衔南北军将领电请冯国璋下令主和，“恳请我大总统仍根据《约法》之精神，颁布全国一致罢战之明令，俾南北军队留有余力一致对外”。段祺瑞闻讯大为震怒，随即发电痛斥吴佩孚“师长职卑对大局无发言之权”，并同时唆使张作霖、倪嗣冲以及吴佩孚的上司曹锟发电斥吴。 31日，吴佩孚电复曹锟，表示自己坚决主和，“一俟和局告成，当北上请抗言之罪”。西南系军阀和长江三督纷纷通电表示支持吴佩孚，北方许多军人也纷纷响应。随后，段祺瑞宣布自己将在政府改组后引退，但是仍然保留着参战督办的职务。
其实停战也不全是坏处，资金的问题可以得到缓冲，而段祺瑞也可以更投入改选总统这件事情。段祺瑞自然是想让冯国璋尽快离开总统府，但南方的桂系则想尽一切努力延长冯国璋的总统任期。段祺瑞担心旁生枝节，于是召奉军一旅开至南苑。9月4日，安福国会组织参众两院选举委员会，到会议员共436人，徐世昌最终以425票当选为总统。但选举过程中也出现了一些小插曲，据说投票之前每位议员都会领取到出席费和一张徐世昌亲笔题名的照片，而少数不属于安福系的议员则以每张投票5000元来收买。