但孙中山的这一想法被鲍罗廷阻止。鲍认为，孙的做法，违背召开党代表大会的宗旨。在鲍罗廷看来，召开代表大会是为了改组国民党，而不是为了使孙中山成为总统。在内外交困的处境下，成立全国性政府的时机尚未成熟。鲍罗廷为此发挥了高度的说服技巧，首先使国民党的委员们相信，在党还没有巩固、健全的情况下，宣布成立全国性政府是不明智之举。最后终于说服孙中山同意取消自己的决定，只由大会通过了一项《组织国民政府之必要案》，决定先采取宣传手段，进行建立国民政府的舆论准备工作。
大元帅府虽然未能改组成为全国性的中央政府，但国民党一大召开后，大元帅府进入到了一个新的发展阶段。一大宣言及其政纲政策，成为大元帅府的施政纲领和指导原则。尤其是一大所确立的“党治”体制，开始付诸实施。国民党中央执行委员会成为党的最高权力机关。总理制改为保留总理职位的委员制，由此形成以孙中山为核心的新的领导集体。1924年7月，孙中山在国民党中央设立政治委员会，自任主席，并任命胡汉民、汪精卫、廖仲恺、谭平山、伍朝枢、邵元冲为委员，任命鲍罗廷为顾问。在中央政治委员会的指导下，大元帅府的对内、对外工作都采取积极的革命步骤。对外，实行联俄反帝；对内，主要致力于广东革命根据地的统一和巩固。