清朝方面，两江总督怡良所得到的探报虽不很准确，但也大致勾勒了事件的脉络：
查各路探报，有云伪北王韦娼灰（昌辉）由丹阳败回金陵，杨逆闭门不纳，逆首洪秀全开门放进，因此起衅，互相戕杀。又有云八月十二日杨逆向洪逆索取伪印，意图并吞，洪逆将韦逆调回，杀死杨逆及其亲属。伪翼王石达开闻信赶回，与韦逆又起争端，石逆逃赴上江，纠集党与，欲图报复。所闻不一，而其内乱则不为无因。
诛杨之事风险很大，必须一举成功。揆诸情理，洪秀全也只能借助韦昌辉之手而不可能寄希望于与杨秀清关系较深的石达开。
四　韦昌辉血腥屠杀
洪秀全的密召，给了韦昌辉除掉杨秀清、实现自己野心的最好机会。1856年8月下旬，他在江西瑞州率亲兵3000人，乘船200余只下驶，取道鄱阳进往安徽建德。9月1日，抵达天京登岸。当夜，韦昌辉与秦日纲的军队悄然从南门进城，立即控制了所有的要害部位，并包围了东王府。
1856年9月2日（丙辰六年七月二十七日，咸丰六年八月初四日）凌晨，韦昌辉等以迅即的行动攻破东王府，杀死杨秀清本人及其家属。据传闻，领头抓捕杨秀清的为北殿右二十承宣许宗扬，也即曾因扫北援军的败绩而被杨秀清收入东牢的那位许十八。并传闻，韦昌辉在杀死杨秀清之前，曾当面对他说：“尔欲夺位，我奉二哥令杀尔。”除杨秀清全家外，在其府中服役的所有500名女子也被杀死。围绕东王府的侍从馆闻有变，“各持械出”，但均被韦昌辉的部队击退。