秦王将商於之地十五座城封给公孙鞅，从此世人称其为商君。
周显王三十一年癸未（公元前338年）
秦孝公去世，他的儿子秦惠文王即位，公子虔等人指控商君想要谋反，秦惠文王便派官吏前去抓捕商君。商君逃亡到魏国。魏国不接纳他，又把他送回了秦国。商君和他的门客们只好来到商於，向北发兵攻打郑国。秦国派军队攻打商君，将他以车裂之刑处死，又诛灭了他的全家。
当初，商君做秦国的国相时，施行法令十分严酷，曾经在渭河边处决囚犯，整条渭河都被囚犯的血染红了，在他做国相的十年里，百姓对他多有抱怨。赵良见到商君，商君问他：“你看我治理秦国，与五羖大夫百里奚相比，谁更贤能？”赵良说：“上千个人的连声顺从，不如一个人的直言不讳。我请求说出心里全部的真实想法，恳请您恕我无罪可以吗？”商君说：“可以。”赵良说：“五羖大夫百里奚，是荆楚之地的一个粗鄙之人，秦穆公把他从一个放牛之人推举到高位之上，秦国上下无人可及。他在秦国做了六七年的国相，向东讨伐了郑国，三次扶植晋国国君，一次拯救楚国于危难之中。他做相国的时候，即使劳累也不坐车，在炎热的夏天也不会撑起伞盖。在秦国国内出行，从不带车马跟随，也从不带兵器咄咄逼人。五羖大夫死的时候，秦国百姓不论男女都痛哭流涕，孩子也不再唱起歌谣，舂米的人也不再唱舂米的小曲。如今再看看商君您，凭借宠臣景监的举荐成为商於之地的主人；在从政期间，欺压王公宗族，残害百姓。公子虔已经有八年时间闭门不出了。您又杀死与您对立的祝欢，在公孙贾的脸上刺字。《诗经》中说：‘得人心的人能够兴旺，失去人心的人则会下场悲惨。’您做的这些事，都不是得人心的事。商君您出行时，您的车后面还跟随着载满身穿铠甲的士兵的车，左右两边还有侍卫护卫，手拿兵器在您的车两边守护。这些东西哪怕少了一样，您都坚决不会出门。《尚书》中说：‘凭借品德做事的人能够昌盛，凭借武力做事的人最终都会灭亡。’您做的这些事，都不是凭借品德做的事。商君您的危难，如同清晨的露水，没有多少时间就会到来了，而您还贪恋商於之地的富贵，在秦国独断专行，积累百姓的怨恨。秦王一旦有个三长两短，秦国用来逮捕您的罪名还会少吗？”商君却不听从赵良的劝告。只过了五个月危难就降临了。