靳辅身为总河，虽不直接负责下河工程，但有责任配合疏浚下河，至少不能阻挠和干扰其工程的进行。然而，事实却相反。孙在丰在康熙二十五年(1686)十二月奉旨与靳辅会议，要求关闭上河的减水坝。靳辅拒绝。康熙皇帝得知后，批评说：假使靳辅治理下河，不塞水口，能在滔滔洪水中施工吗?如果令靳辅主持这项工作，必然要闭塞诸口，今孙在丰去做，就说不可，这是为什么?难道不是有意阻挠吗?康熙皇帝亲召靳辅，反复辩论，直到康熙二十六年(1687)五月，靳辅才不得不同意将高家堰等坝暂闭一年。之后，又发生差往浚治下河司官不听侍郎孙在丰调度，阻挠河工的事。为了排除阻挠，经九卿等反复详议之后，康熙皇帝于三月做出决定挑浚下河之事，令江南总督、总漕、总河、江苏巡抚会同侍郎孙在丰料理。撤回司官。同年十月，靳辅再次上疏，题请在高家堰之外，再筑重堤，停其丁溪等处下河工程。于成龙回奏反对靳辅方案。九卿议复支持靳辅所奏。康熙皇帝认为挑浚下河关系紧要，命户部尚书佛伦等会同江南总督董讷、新任总漕慕天颜确勘议奏。同年十二月，佛伦等查看河工回奏，仍支持靳辅方案，建议将白驹、丁溪、草堰三口各工程尽行停止。康熙皇帝命九卿等会议讨论。尚无结果，因办理祖母丧事，暂且搁置。